Pendidikan tafsir dan ilmu tafsir
Menyelenggarakan pendidikan jenjang Marhalah Ula dengan kekhasan Tafsir dan Ilmu Tafsir melalui talaqqi dan kajian turats.

Visi misi
Rumusan yang menuntun pendidikan, pembinaan, dan pengabdian mahasantri Ma'had Aly Yusuf Masyhar.
Visi
Menjadi rumah pengkaderan mufassir hamilil Qur'an yang berakar pada tradisi pesantren dan bermanfaat bagi umat.
Ma'had Aly Yusuf Masyhar menyiapkan mahasantri agar mutqin dalam hafalan Al-Qur'an, mendalam dalam ilmu tafsir, dan siap berkhidmah di tengah masyarakat.
Misi
Menyelenggarakan pendidikan jenjang Marhalah Ula dengan kekhasan Tafsir dan Ilmu Tafsir melalui talaqqi dan kajian turats.
Membina mahasantri agar mutqin dalam hafalan Al-Qur'an serta menjaga ketepatan bacaan dan sanad.
Menumbuhkan adab terhadap ilmu, guru, dan sesama penuntut ilmu serta ketelitian dalam menelaah sumber.
Melatih mahasantri menelaah sumber primer dan menyusun karya ilmiah secara bertanggung jawab.
Mengarahkan ilmu agar hadir sebagai kemanfaatan bagi masyarakat melalui pengabdian dan pendidikan.